Bibliotekoje saugoma per 5 mln. dokumentų. Sukaupta turtinga senųjų dokumentų saugykla Lietuvoje: didžiausia šalyje inkunabulų, paleotipų kolekcijos, senųjų lietuviškų knygų rinkinys (tarp jų tokie unikalūs leidiniai kaip pirmoji lietuviška knyga, – M. Mažvydo Katekizmas, – B. Vilento Enchiridionas ir kt.). Rankraščių skyriuje saugoma per 325 tūkst. XIII–XXI a. dokumentų įvairiomis pasaulio kalbomis. Fonduose taip pat laikoma didelė kolekcija grafikos darbų, iš kurių svarbią dalį sudaro senoji grafika, apimanti XVI–XIX a. Dalis senųjų dokumentų yra skaitmeninami, tad laisvai prieinami VU skaitmeninių kolekcijų svetainėje.