Kovo 2–8 d. minime Tarptautinę Atvirųjų duomenų dieną. Šiemet esame kviečiami į atviruosius duomenis pažvelgti Jungtinių tautų darnaus vystymosi tikslų kontekste. Du iš tikslų susiję su bioįvairove, tad kodėl gi nepasidomėjus, ką apie atviruosius duomenis turi pasakyti Vilniaus universitete dirbantys gamtos tyrinėtojai? Taigi, lankomės VU Gyvybės mokslų centre pas mokslininkę, dėstytoją ir aistringą augalų pasaulio tyrinėtoją doc. dr. Radvilę Rimgailę-Voicik, su kuria kalbamės apie botaniką Lietuvoje, dalijimąsi duomenimis ir... gametofitus.
Žinome, kad esate botanikė. Gal galėtumėte mūsų skaitytojams šiek tiek daugiau papasakoti apie savo mokslinių tyrimų sritį?
Savo disertacijoje, kurią apsigyniau 2017 metais, pristačiau pataisų jaunatvinių populiacijų tyrimus. Mažai kas žino, kad augalų gyvenimo ciklas susideda iš dviejų etapų arba kartų: sporofito ir gametofito. Labiau evoliuciškai pažengusiuose augaluose gametofito karta yra visiškai priklausoma nuo sporofito, dažnai plika akimi nematoma. O štai prieš daugiau nei 400 milijonų metų Žemėje atsiradusių ir iki šių laikų išlikusių augalų gametofitus ir sporofitus lengva atskirti, jie – nepanašūs ir skirtingose vietose gyvenantys individai. Vieni iš tokių pirmykščių augalų yra pataisai. Žemės istorijos pradžioje, kai susikūrė sausumos ekosistemos, pataisų protėviai vyravo miškuose ir buvo stambūs medžiai. Mano tyrinėjami šiuolaikiniai pataisai yra kuklesnių matmenų – tai visžaliai žoliniai augalai, augantys miškuose. Pataisų gametofitai gyvuoja savarankiškai, tačiau jų miške taip paprastai nepamatysite, nes jie vystosi dirvožemyje. Jų buvimo vietas gali išduoti nebent pušynuose besikalantys daigeliai, kurie atsiranda po žeme esančiame gametofite įvykus apvaisinimui. Vėliau tokie daigeliai išauga į sporofitą, tai yra, suaugusį pataisą, įprastai matomą miške, o šis subrandina sporas, iš kurių susidaro nauji gametofitai. Galima drąsiai teigti, kad pataisų gametofitai – vienas rečiausių gamtoje stebimų botaninių objektų. Lietuva turtinga sausų pušynų, kuriuose galime stebėti šių augalų vystymosi ciklą. Užsienio kolegos mums pavydi, o mes nevertiname šio dalyko.
Tai, ką pasakojate, skamba gana egzotiškai. Ar lengva apie savo mokslinius tyrimus kalbėtis su žmonėmis, kurie nėra botanikai?
Iš tiesų, tiek savo aplinkoje, tiek ir tolimesniame rate kalbėtis apie tai nėra taip paprasta. Dauguma žmonių net nežino, kas per augalas tas pataisas ir kas per dalykas tas gametofitas. Pasakojant apie savo tyrimus dažnai prireikia išsitraukti telefoną ir tiesiog parodyti nuotraukas, kad pašnekovas suprastų, apie ką kalbame. Apskritai šiuolaikiniams žmonėms labai trūksta bendrųjų žinių apie augalus ir jų gyvenimo ciklus. Keičiantis bendrojo lavinimo programoms, botaninės žinios mokyklose buvo nustumtos į šoną. Tai pastebiu ir dirbdama su studentais. Botaninės leksikos jų kalboje nėra. Ateidami į zoologijos paskaitas jie žino, kaip atrodo lapė, meška, pelė. Tuo tarpu atpažinti guobą ar skirti vieną beržo rūšį nuo kitos jiems jau yra sudėtinga. Bandau šiuolaikiškai ir interaktyviai perduoti jiems žinias apie augalų pasaulį, tačiau tai nėra lengva. Trūksta šiuolaikiniam mokymuisi pritaikytų vadovėlių, todėl dažnai tenka „išradinėti dviratį“. Anglakalbiai vadovėliai dažniausiai mums netinka, nes nagrinėja, pavyzdžiui, kito žemyno arba kitos klimato juostos bioįvairovę. Lietuviški vadovėliai dažnai prieinami tik popieriniu formatu, jų egzempliorių kiekis ribotas. Kad ir kiek entuziastingai būčiau nusiteikusi studentams parodyti augalų pasaulį kaip nuostabų, patrauklų, būtinybė keliauti į skaityklą atbaido daugelį. Dėl šios priežasties bibliotekos vykdomos skaitmeninimo veiklos yra išties reikalingos. Tikiuosi, kad ateityje bus dar daugiau pozityvių pokyčių, kurie pagerins žinių apie Lietuvos augaliją prieinamumą.
Sunkiai pastebimas gametofitas. nuotr. R. Rimgailės-Voicik
Šią savaitę minime tarptautinę Atvirųjų duomenų dieną. Kaip atrodo Jūsų srities tyrimų duomenys?
Turbūt pirmiausia botanikos duomenis reikia įsivaizduoti kaip herbariumo kolekcijas, kuriose yra saugomi šiuolaikinių tyrimų metu ir kažkada anksčiau mokslininkų surinkti ir apibūdinti augalų, kerpių, dumblių, grybų pavyzdžiai. Kita svarbi botaniko kasdienybės dalis – geobotaniniai aprašymai. Yra tokia botanikos šaka, fitosociologija, kuri tiria ir aprašo augalų sugyvenimą tarpusavyje. Šios srities atstovai ir rengia geobotaninius aprašymus. Tai reiškia, kad nuvykus į pasirinktą teritoriją, pavyzdžiui, mišką arba pievą, nustatoma, kokios rūšys ten auga, koks jų vidutinis padengimas plote. Be šių dviejų duomenų tipų, dar galima išskirti informaciją apie saugomas rūšis. Būtent tokio tipo duomenis kaupia valstybė Saugomų rūšių informacinėje sistemoje (SRIS). Mokslininkai gali laisvai jai teikti duomenis, tačiau su prieiga prie tų pačių duomenų galėtų būti ir paprasčiau, dabar ją gauti gana sudėtinga. Dar naudojame žemėlapius, pavyzdžiui, miškų kadastro duomenis (tai yra, žemėlapio forma atvaizduotą informaciją apie konkretų miško plotą – kokie medžiai ten auga, koks vidutinis jų amžius, aukštis). Galiausiai šalia duomenų vertėtų paminėti ir mokslinę literatūrą, kuri mūsų srityje neapsiriboja XXI amžiumi ar XX amžiaus antrąja puse. Kitaip nei, pavyzdžiui, mikrobiologijoje, kur paskutiniai penkeri metai yra patys aktualiausi, botanikoje net ir šimto metų senumo publikacijos yra aktualios. Be to, Lietuvos geopolitinė situacija nulėmė, kad botanikams tenka tapti poliglotais ir be mokslininkams jau įprasta tapusios anglų kalbos, dar gebėti skaityti lenkiškai, vokiškai, rusiškai ir baltarusiškai.
Užsiminėte apie ne visada lengvai gaunamą prieigą prie duomenų. Kaip bendrai vertinate Jūsų mokslo sričiai aktualių duomenų atvirumą?
Manau, augalų mokslams Lietuvoje šiuo metu labai trūksta bendradarbiavimo. Kalbu tiek apie institucijų bendradarbiavimą su mokslininkais, tiek apie bendradarbiavimą tarp pačių mokslininkų. Būtų puiku, jei galėtume susikalbėti ir pasidalinti duomenimis. Juos kartu sudėję, galėtume gauti naujų įžvalgų, sudaryti tikslesnius modelius, pamatyti dalykus kitais kampais. Šiuo metu mes Lietuvoje dar nesame linkę atvirai dalintis duomenimis, kuriuos surenkame. Laikome duomenis savo nuosavybe, kurią reikia saugoti nuo aplinkinių. Didžiausia grėsmė, kad tokie duomenų rinkiniai bus prarasti, arba, pasikeitus duomenų valdytojui, nukeliaus į tikrą ar virtualų šiukšlių konteinerį. Aš ir pati save pagaunu taip elgiantis. Turiu keletą duomenų rinkinių, kurių nenoriu niekam rodyti, nes juk „neilgai trukus“ apie juos parašysiu... Paskui nė nepastebi, kaip tas „neilgai trukus“ virsta penkeriais ar dešimčia metų. O juk jeigu daugiau bendradarbiautume vieni su kitais, diskutuotume, tikėtina, kad parengtume dar stipresnes, geresnes publikacijas. Duomenų sintezė, o ir mūsų pačių protų sąveika, galėtų duoti visai kitokių rezultatų, nei darbuojantis atskirai. Dabar yra prieinama daugybė mašininio mokymo algoritmų, tačiau jais pasinaudoti galima tik turint pakankamą duomenų masyvą, kurį bendromis pastangomis surinkti yra daug lengviau. Mūsų uždarumas kelia grėsmę, apie kurią nesusimąstome. Nepasikeitus duomenų apdorojimo ir saugojimo įpročiams, ateityje tokie virtualūs asistentai kaip ChatGPT pateikti susistemintos informacijos apie Lietuvos botaniką negalės. Šiandien paklausus, ką botas žino apie Lietuvos botaniką, gauname atsakymą, kad po paskutinio apmokymo, kuris buvo 2022 m. pradžioje, jokių konkrečių duomenų apie Lietuvos botaniką jis neturi ir mandagiai pataria tokios informacijos ieškoti šalies mokslo institucijų tinklalapiuose. Atrodytų, kas gi čia tokio? Po penkiasdešimties metų gali būti beveik neįmanoma įrodyti, kad botanika Lietuvoje iš viso egzistavo.
Šliaužiantys vaistinio pataiso (Lycopodium clavatum L.) ūgliai ieško geresnių gyvenimo sąlygų. nuotr. Gretos Valvonytės
Ydinga tradicija, kad biologijos doktoranto atliekamas tyrimas dažnai būna individualus darbas. Pavyzdžiui, aš savo doktorantūros projektui viską dariau nuo nulio. Tuos metus prisimenu kaip kupinus įtampos ir nerimo. Džiaugiuosi, kad aplinkybės buvo palankios ir man viską pavyko suspėti per penkerius metus. Toli gražu ne visiems doktorantams, kurių tyrimo objektai gyvena gamtoje, taip pasiseka. Manau, kad mano publikacijų ir tyrimo vertė būtų didesnė, jeigu tai būtų buvusi kelių skirtingų duomenų masyvų sintezė. Taip pat manau, kad mums, mokslininkams, reikėtų būti atviresniems žmonių, kurie nėra iš mokslo pasaulio, atžvilgiu. Jie puikiai galėtų mums pagelbėti su užduotimis, kurios nereikalauja specifinių žinių, ir kurioms atlikti mes patys neturime pajėgumų. Mokslas tik išloštų, o visuomenė galbūt geriau suprastų, kam visi tie tyrimai reikalingi. Mūsų šalyje atvirumo trūksta ne tik mokslininkams, bet ir institucijoms. Pavyzdžiui, Šveicarijoje labai paprasta užsisakyti ir gauti miškų kadastro duomenis. Lietuvoje, norint užsisakyti ir gauti tokius duomenis, reikia daug ką užpildyti, paaiškinti, pateikti raštą iš mokslo institucijos, kurioje dirbi.
Ar tai reiškia, kad uždarumą matytumėte labiau kaip Lietuvos nei globalią problemą?
Daugeliu atvejų – taip. Pavyzdžiui, yra tokia skaitmeninė platforma Global Biodiversity Information Facility (GBIF), kurioje galima rasti įvairaus pobūdžio duomenų apie Žemėje egzistuojančius gyvus organizmus. Šioje platformoje yra ir duomenų apie Lietuvos gamtą, tik tų duomenų teikėjai dažniausiai yra ne Lietuvos institucijos. Tiesa, lietuviai yra tikrai aktyvūs iNaturalist programėlėje, o šie dėl tarptautinio piliečių mokslo projekto („piliečių mokslu“ vadinamas neprofesionalių mokslininkų įtraukimas į mokslinių tyrimų projektus; daugiau informacijos apie tai rasite sausio mėnesio „Mokslo atviruke“ – aut. past.) surinkti duomenys yra pateikiami ir GBIF. Pastaraisiais metais vis daugiau pasaulio institucijų suskaitmenina ir pasidalina savo kolekcijomis, dažnai jas galima surasti jau minėtoje GBIF. Tų skaitmeninių pavyzdžių raiška tokia puiki, kad tu kaip gyvai matai tą augalą, gali prisiartinti, apžiūrėti subtilius požymius. Teko ieškoti suskaitmenintų herbariumo pavyzdžių – tiek Lietuvoje, tiek visoje Europoje labai reto papartėlio. Kai kurių pasaulio herbariumų kuratoriai yra priėmę sprendimą dalintis suskaitmenintais pavyzdžiais, kurie dar nėra tinkamai aprašyti, pavyzdžiui, neturi geografinio priskyrimo. Būtent tarp tokių GBIF radau ir mane dominusius pavyzdžius, saugomus Paryžiuje, Helsinkyje, Leidene. Tai galėtų būti tinkamas kelias norint padaryti prieinamas ir herbariumų kolekcijas, saugomas Lietuvoje. Skaitmeninių kolekcijų kūrimas yra labai svarbu, žinant, kad egzistuoja kolekcijų praradimo tikimybė, ypač karo, vykstančio mūsų kaimynystėje, kontekste, nes jei pavyzdžiai yra suskaitmeninti, kažkur jau egzistuoja jų kopija, kuri išliks ir praradus originalą. Štai estai – šaunuoliai. Jie sukūrė eElurikkus, šalyje gyvenančių rūšių duomenų bazę, kurioje galima pamatyti ne tik herbariuminius pavyzdžius, bet ir paplitimo žemėlapius, skirtingai filtruoti ir parsisiųsti duomenis. Net nereikia užsiregistruoti tame puslapyje, viskas labai atvira. Mums tik žiūrėti ir mokytis. Mes su broliais latviais esame uždaresni.
O kas lemia tokį mūsų uždarumą?
Viena iš priežasčių turbūt yra specialistų trūkumas. Pasilikti universitete ir dirbti botanikos srityje yra iššūkis, nes sunku gauti lėšų tyrimams. Žinoma, galima juos finansuoti iš savo atlyginimo, kaip, deja, man neretai nutinka, bet ne visiems tai priimtina. Teikiant projektų paraiškas konkuruojame su medicina ir kitais gamtos mokslais, kurių tyrimai nėra tokie sezoniški kaip mūsiškiai. Be to, iš mokslininkų tikimasi, kad jų tyrimo rezultatai turės aiškų pritaikymą. Reikia pripažinti, kad botanikoje konkretaus pritaikymo be to, kad tai – fundamentinės žinios apie pasaulį, kuris mus supa, daugeliu atveju nėra. Vadinasi, ir finansavimo nėra. Todėl didelė dalis tyrėjų, kurie galėtų dirbti šitoje srityje, nelieka universitete. Anksčiau keletą metų dirbau Vilniaus universiteto herbariume. Kolekcijai tvarkyti ten skirtas vienas visas etatas ir dar keli žmonės dirba dalimi etato. Būtų puiku suskaitmeninti turimą kolekciją, bet tokio projekto inicijavimas nėra dviejų žmonių darbas, o didesniam skaičiui darbuotojų nėra lėšų. Lietuvoje netgi nėra programos, kuriai būtų galima teikti tokio tipo projektą. Ši problema apima ne tik botanikos, bet ir vabzdžių ar kitų organizmų kolekcijas. Kokiu būdu jos gali būti skaitmeninamos, jei tokiems projektams nėra kur įsiterpti mūsų mokslo finansavimo kraštovaizdyje? Nenoriu nieko nei užgauti, nei įžeisti, nes tikrai visi daro, ką gali, bet Lietuvoje trūksta ilgametės vizijos. Nežinome, kur keliaujame su gamtamoksliniu ugdymu, tiek kalbant apie mokyklą, tiek apie universitetą. Nežinome, kur norėtume būti po dvidešimties metų, ir ar iš viso dar būti. O gal jau uždarome viską? Lietuva tikrai nėra pilkas lopinėlis, kalbant apie botaniką, bet taip yra ne dėl mokslo institucijų indėlio, o dėl to, kad prisideda žmonės, kuriems tikrai rūpi, kurie nori pažinti, domisi. Prisideda ir žmonės, kurie nėra mokslininkai, tačiau nemaža dalis jų yra ne iš Lietuvos. Lietuvoje tokių projektų, kaip, pavyzdžiui, Zooniverse platformoje skelbiami visuomenei atviri projektai, dar labai trūksta. Tikėkimės, kad ateityje jų bus daugiau.
Tyrėjai ieško stačiojo atgirio (Huperzia selago (L.) Bernh. ex Schrank et Mart.) sporangių. nuotr. Gretos Valvonytės
Ar gali būti, kad mokslininkų nenorą dalintis surinktais duomenimis lemia tai, kad jie pirmiausia vertinami už paskelbtas publikacijas, o mokslinių tyrimų duomenų rinkinių kūrimas ir atvėrimas retai kada sulaukia deramo įvertinimo?
Nenustebčiau, jei taip būtų. Atestacijos metu vertinamos tik publikacijos, ir dar ne bet kokios, o tik indeksuojamos Web of Science duomenų bazėje. Visi kiti mūsų sukurti dalykai – nei vadovėliai, nei duomenų rinkiniai – vertintojams neįdomūs. Kam tada prasidėti su duomenų atvėrimu? Kita vertus, mūsų atlyginimai mokami iš valstybės biudžeto. Tada ar teisinga, jeigu mes už mokesčių mokėtojų pinigus vykdome tiriamąją veiklą, bet jos metu sukurtu gėriu negali naudotis kiti? Beje, koncentravimasis į Web of Science publikacijas turi ir kitą neigiamą šalutinį poveikį – jis skatina lietuviškos botaninės leksikos išnykimą. Nebeliko nė vieno mokslinio periodinio leidinio lietuvių kalba, kuris būtų skirtas augalų mokslams. Lietuviški žurnalai neatlaikė konkurencijos su Web of Science indeksuojamais užsienio leidiniais. Greitai visi lietuviški botanikos terminų žodynai, vardynai ir panaši literatūra taps bibliografine retenybe, padėta į lentyną rinkti dulkių.
Grįžtant prie atvirųjų duomenų, ar užtenka, kad jie tiesiog būtų atviri? Ar vis dėlto yra kažkokie minimalūs reikalavimai, kuriuos duomenys turi atitikti, kad turėtų vertę?
Geras klausimas. Kalbant apie mano anksčiau minėtus geobotaninius aprašymus, jie turėtų būti susieti su geografinėmis koordinatėms, o herbariumo pavyzdžiai yra vertingi, kai jie yra tinkamai etiketuoti: kokiame rajone ir kokioje augavietėje, kada jie rasti, koks gausumas ir pan. Taigi, nėra taip, kad bet kokie atviri duomenys yra vertingi. Nebent kai kalbama apie mašininį mokymąsi – tada tokie duomenys kaip, tarkime, augalų ar jų radaviečių nuotraukos galėtų būti vertingi patys savaime, nes dirbtiniam neuroniniam tinklui apmokyti to užteks...
Įdomu tai, kad Jūsų išvardinti reikalavimai duomenims atliepia FAIR duomenų principus, kurie sako, kad duomenys turėtų būti surandami, prieinami, sąveikūs ir tinkami pakartotinai naudoti (daugiau informacijos apie FAIR principus rasite čia – aut. past.). Metaduomenimis aprašyti duomenys yra lengviau surandami, o tam, kad juos būtų galima pakartotinai naudoti, reikia, kad metaduomenyse būtų nurodyta kuo išsamesnė informacija apie duomenų kilmę.
O ar visais atvejais yra gerai, kad duomenys būtų atvirai prieinami? Ar yra tokių atvejų, kai duomenų atvėrimas galėtų turėti neigiamų pasekmių?
Kai kalbame apie saugomas rūšis ir jų populiacijas, dažniausiai atvirai nesidalinama jų radaviečių koordinatėmis. Ši nuostata persikelia ir į publikacijas: jose dažniausiai nurodoma tik vietovė arba artimiausio miesto ar vandens telkinio pavadinimas. Geriau neviešinti nykstančių rūšių aptikimo vietų, nes bent jau Lietuvoje pastaraisiais metais yra buvę nemažai atvejų, kai žmonės, žinodami saugomų augalų radavietes, tuo pasinaudojo tam, kad išsikastų tuos augalus ir pasisodintų savo gėlynuose. Manau, kad tokia nuostata saugomų rūšių atžvilgiu nesikeis ir ateityje. Situaciją komplikuoja tik tai, kad saugomų rūšių sąrašas linkęs keistis. Jį kasmet peržiūri ir koreguoja Lietuvos raudonosios knygos komisija. Ką daryti, jeigu rūšis, prieš dvejus metus buvusi sąraše, iš jo buvo išbraukta? Ar tada jau galima atverti radaviečių koordinates? O jeigu po dar ketverių metų vis dėlto nuspręsime, kad kažkas pasikeitė, ir mums vėl reikia saugoti tą rūšį? Ką daryti su duomenimis, kurie galimai jau cirkuliuoja kažkur informacinėje erdvėje? Apskritai reikėtų pastebėti, kad Lietuvoje bioįvairovės tyrimų vykdoma palyginti nedaug, todėl kartais netgi neturime pakankamai informacijos, kad būtų galima vienareikšmiškai pasakyti, ar konkrečią rūšį reikia saugoti, ar ne.
Baigiant mūsų pokalbį, pakalbėkime apie svajones. Įsivaizduokime, kad Jums stebuklingu būdu buvo suteikta galimybė per ateinančius metus įgyvendinti vieną projektą, kuris prisidėtų prie botanikos mokslo Lietuvoje atvirumo. Kas tai būtų?
Pasvajoju, kad būtų nuostabu, jeigu būtų pasirašytas tarpinstitucinis susitarimas ir pradėta kurti tokia Lietuvos rūšių duomenų bazė kaip estiškoji eElurikkus. Mano kolegos iš manęs juokiasi, kai pradedu apie tai kalbėti. Sako, kad neįsivaizduoju, kiek darbo būtų prie tokio projekto. Tačiau tai būtų prasmingas darbas. Esu tikra, kad po truputį, kaip šliaužiantis pataiso ūglis nukeliausime ir į šį tikslą.
Tikrai taip. Svarbu įvardinti svajones, jei norime, kad jos kažkada išsipildytų. To Jums ir linkiu. Ačiū už pokalbį!
Kalbino dr. Gintė Medzvieckaitė
2024-03-06